Huipputason tiede -pilari keskittyy perustutkimuksen edistämiseen ja rahoittamiseen. EU:n tavoitteena on nostaa EU-alueella tehtävä tieteellinen tutkimus huipputasolle ja maailmanlaajuisesti kilpailukykyiseksi.
Tähän kokonaisuuteen kuuluvat huippututkimusta rahoittava Euroopan tutkimusneuvosto (ERC), tutkijakoulutusta ja -liikkuvuutta rahoittavat Marie Sklodowska-Curie -toimet sekä tutkimusinfrastruktuurien rahoitus- ja tukitoimet.